Takara真香推薦—簡便好用的液態(tài)活檢解決方案之游離DNA篇

更新時間：2020-10-12 點擊次數(shù)：2205

在腫瘤早期篩查研究領域，循環(huán)腫瘤DNA（ctDNA）一直是各大廠商、科研工作者關注的重點。雖然ctDNA的應用日趨成熟，但總有一些微量的ctDNA樣本無法用傳統(tǒng)技術完成高品質文庫的構建，特別是在進行腫瘤早期診斷有重要價值的稀有突變分析時。
如何以微量ctDNA起始構建可準確分析稀有突變的文庫？Takara的解決方案是引入分子標簽技術！

■ 微量ctDNA樣本無法準確分析稀有變異? 自帶1600萬分子標簽的建庫技術了解一下

ThruPLEX Tag-Seq Kit是Takara推出的采用莖環(huán)形接頭，含1600萬種分子標簽的DNA-Seq文庫構建技術，足以準確區(qū)分是測序錯誤還是真實的稀有突變！

同時，該產(chǎn)品支持1-50 ng cfDNA起始，微量樣本的文庫構建不再是難題！
ThruPLEX單管操作、手動15 min、總共兩小時，過程中無需轉管與純化，實驗小白也能輕松上手！

● 實驗案例

分別以10 ng及30 ng的cfDNA標準樣品（Horizon Diagnostics）起始，使用ThruPLEX Tag-seq kit制備文庫，然后使用Agilent SureSelect靶向序列富集系統(tǒng)定制Panel(110 KB)，或Roche的NimbleGen SeqCap EZ定制Panel（240 KB）進行富集，使用illumina的NGS平臺進行測序。得到的數(shù)據(jù)使用Curio（Curio Genomics）分析。

使用Agilent (30 ng DNA input)或Roche（10 ng DNA input）兩者中的任意一個靶向富集系統(tǒng)時，可以得到與已知的MAF（Minor Allele Frequency）同等的結果。

（數(shù)據(jù)來源于Takara Bio USA, Inc.）

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● 實驗友好型的ctDNA稀有突變分析方案

可能有些剛開展ctDNA稀有變異分析項目的朋友會有所擔心，即便能簡便快捷地構建NGS文庫，但后期如果沒有易用的生信分析流程，一樣會成為項目研發(fā)的阻礙。

No Worries！以下三款生信分析工具，搭配ThruPLEX Tag-Seq使用，效果更佳！

Connor：GitHub平臺上一款開放型的生信工具，可以處理ThruPLEX Tag-Seq文庫的測序數(shù)據(jù)。Connor可以aligned BAM文件作為輸入量，分析分子標簽信息，并生成含對應序列的BAM文件，后續(xù)可結合突變分析軟件進行分析，如FreeBayes等。
Curio：Curio Genomics公司所推出的基于“云”的生信平臺，ThruPLEX Tag-Seq文庫的測序數(shù)據(jù)可以上傳、處理及可視化。該平臺運行速度快，用戶界面友好，具有強大的Alignment Viewer。同時，Curio整合了變異檢測、分析及可視化的模塊，方便用戶使用。
Strand NGS：由Strand Life Sciences推出的原生支持ThruPLEX Tag-Seq數(shù)據(jù)分析的生信平臺，提供NGS數(shù)據(jù)的分析、管理及可視化。

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